De gotische bovenkapel dateert van het einde van de 15e eeuw. Alleen de drie rondbogen die toegang verlenen tot de zijkapel van het H. Kruis zijn een overblijfsel van de oorspronkelijke romaanse bovenkapel. De glasramen in het koor dateren van 1845 en stellen in chronologische volgorde de vorsten voor die heersten over het graafschap Vlaanderen van Filips de Stoute, hertog van Bourgondië (1342-1404), tot Maria-Theresia, keizerin van Oostenrijk (1717-1780).

Aan weerszijden van het hoofdaltaar bemerkt men de eretekens eigen aan een basiliek : het tintinnabulum of kleine bel in een versierde omlijsting en het conopeum of halfneergeslagen zonne-scherm in gele en rode zijde. De originele predikstoel is door beeld-houwer Hendrik Pulinckx in 1728 gemaakt in de vorm van een wereldbol : Gods woord, dat vanaf de preekstoel wordt verkondigd, moet de hele wereld bereiken.

De grote wandbeschildering achter het neogotische hoofdaltaar werd verwezenlijkt in 1905. Het bovenste gedeelte stelt het mysterie van het Kruis voor, waar Christus zijn bloed heeft vergoten.

Op de achtergrond ziet men links, Bethlehem, zijn geboorteplaats en rechts, Jeruzalem waar hij gestorven is. Het onderste tafereel toont hoe Diederik van de Elzas de H. Bloedreliek ontvangt uit de handen van de Patriarch van Jeruzalem en hoe hij, in Brugge toegekomen en met naast hem gravin Sybilla, de relikwie aan de kapelaan toevertrouwt.

Het kleine altaar dat midden in het koor is opgesteld, is versierd met een albasten reliëfbeeld van het Laatste Avondmaal daterend van het begin van de 17e eeuw. Tussen koor en beuk staat een eikenhouten communiebank (17e eeuw) versierd met loofwerk en gesculpteerde bustes van heiligen.

Het altaar in wit marmer in de kapel van het H. Kruis is het oeuvre (1751) van Laurent Delvaux. De twee knielende engelen zijn van Pieter Pepers en het zilveren tabernakel van de Brugse edelsmid Ryelandt.
Rechts naast het altaar bemerkt men een schilderij op doek De Kruisafneming (1649) toegeschreven aan Jacob van Oost en geinspireerd door Caravaggio.